Az egyesületet az ügyvezető szerv vezeti, amely leggyakrabban az egyszemélyi ügyvezető, vagy a testületi elnökség (amelyet általában az elnök vezet), ugyanakkor az akár egyszemélyi, akár testületi ügyvezetésnek lehet ettől eltérő nevet adni (pl. titkár, illetve ügyvezetés, stb.), illetve a testületi szerven belül is létrehozható az elnöki címtől eltérő megnevezésű vezetőm vagy az elnök mellett más, külön tiszstéggel rendelkező elnökségi tagok (alelnök, elnökhelyettes, titkár, stb.) is kinevezhetők.  Az egyszemélyi ügyvezető az egyesület ügyvezető szerve és képviselője is egyben, míg a testületi ügyvezetés esetén a képviselő jellemzően a testület egy vagy több tagja. Nagy létszámú szervezet esetén több tagú elnökséget – általában 3-11 fő – választanak.

Semmis az alapszabály olyan rendelkezése, amely háromnál kevesebb tagú elnökség felállítását írja elő. Ugyanakkor egyszemélyi ügyvezetés lehetséges, így megállapítható, hogy a törvény kifejezetten csak a két tagból álló ügyvezető szervet nem engedi meg.

Az elnök/elnökség két közgyűlés között intézi a szervezet napi ügyeit. Az elnökség dönt a két közgyűlés közötti időszakban minden olyan ügyben, ami nem kizárólag a közgyűlés feladata, és amit az alapszabály az elnök/elnökség hatáskörébe utal. Az elnök/elnökség nem gyakorolhatja a közgyűlés jogait. Az elnök/elnökség működésének legfontosabb szabályait (létszám, megválasztás módja, megválasztásra jogosult szerv megnevezése, megválasztás ideje, összehívás gyakorisága) az alapszabály tartalmazza.

Az egyesülési jog gyakorlása során természetesen a fentiektől eltérő ügyintézési szervezetet is létre lehet hozni. Például iroda, titkárság stb. A fentiektől eltérően más fajta elnevezést is lehet alkalmazni.

Ügyintézői feladatokat nem tag is elláthat, tehát erre a feladatra alkalmazott is felvehető, csak ennek szabályait is a létesítő okiratban kell rögzíteni. Például lehet úgy szabályozni, hogy az egyesület a napi ügyek intézésére titkárt, ügyvezetőt vagy munkavállalót alkalmaz.