Amennyiben a civil szervezet által végzett termékértékesítés vagy szolgáltatásnyújtás nem sorolható be az alábbiak szerinti adómentes tevékenységek közé, még mindig van egy lehetőség arra, hogy a szervezetnek ne kelljen foglalkoznia az áfával. 

Az adóalany jogosult alanyi mentességet választani, amennyiben árbevétele várhatóan nem éri el a tárgyévben a 18 millió forintot.

Az értékhatárt időarányosan kell számítani. Tehát ha valaki év közben alakul, mondjuk, március 1-jén kapja meg az adószámot, akkor a várható bevételének a következő érték alatt kell maradni:
18 millió forint / 365 nap × 306 nap = 15 090.411 forint.

Az értékhatárba minden kiállított számla értéke beleszámít, függetlenül attól, hogy azt kifizették-e vagy sem.

Ha a civil szervezet az adószám igénylésekor nem választotta az alanyi adómentességet, akkor december 31-ig történő bejelentéssel mindig már csak a bejelentést követő évre vonatkozóan választhat, módosíthat.

Ebbe a bevételbe kizárólag az egyébként adóköteles bevételek számítanak bele. Figyelmen kívül kell hagyni többek között:

  • a tárgyi eszközként használt eszközök értékesítéséből származó bevételeket; 
  • a tevékenység közérdekű jellegére tekintettel adómentes tevékenységek; és
  • a 86. § (1) a)–g) szerinti adómentes, kiegészítő jellegű szolgáltatásnyújtásokat. 

Az alanyi mentesség megszűnik, ha az adóalany értékesítése a naptári éven belül meghaladja az értékhatárt. Ekkor abban a számlában, amelynek ellenértékével átlépi az értékhatárt, már adót kell felszámítani. Ezt a tényt az adóhatóságnak 15 napon belül be kell jelenteni.

Az alanyi adómentes adóalany számláiban nem számít fel általános forgalmi adót, nem köteles áfát fizetni és nem vonhat le előzetesen felszámított adót.

Az alanyi mentesség időszaka alatt nem kell adóbevallást teljesíteni, nem szükséges külön áfanyilvántartást vezetni.

Vannak olyan esetek, amikor az alanyi adómentes adóalany sem járhat el ilyen minőségében. (pl. tárgyi eszközt értékesít). 

Ide tartoznak azok az esetek is, amikor a szervezet külföldről vesz igénybe szolgáltatást vagy külföldre nyújt szolgáltatást.