A bíróság a beérkezett kérelmet és mellékleteit megvizsgálja, hogy azok tartalmilag és formailag megfelelnek-e a jogszabályi követelményeknek. Minden döntését végzésben közli az érintettekkel elektronikusan (2015. január 1-től) vagy postán, attól függően, milyen úton zajlott a kérelem benyújtása.. A végzést az alapítónak, ügyvédi közreműködés esetén az ügyvédnek küldi meg.
Ha a kérelem és mellékleti hiánytalanok, akkor a bíróság a kérelem beérkezésétől számított 60 napon belül köteles dönteni a nyilvántartásba vételről. A nyilvántartásba vétel nem tagadható meg, ha az alapító okirat és a csatolt mellékletek a jogszabályi követelményeknek megfelel.
Ha a kérelem hiányos, a bíróság az alapítót hiánypótlásra szólítja fel. Ha a hiánypótlásban felsoroltaknak az alapító eleget tett, a bíróság a nyilvántartásba vételről határoz. A 60 napos ügyintézési határidőbe a hiánypótlás határideje nem számít be.
A bíróság a bejegyzésről végzésben határoz, amely nem fellebbezhető, így jogerős. Ezzel az alapítvány létrejött.
A jogerőre emelkedés napját követő 5 munkanapon belül – ha a képviselő a bejegyzési kérelemben ezt kérte – az adószám és a statisztikai számjel megállapításához szükséges adatokat a bíróság továbbítja az állami adóhatósághoz és a KSH-hoz. Az adószámot és a statisztikai számjelet az adóhatóság és a KSH közli a bírósággal, amely azt hivatalból, elektronikus úton bejegyzi. Így az adószám és a statisztikai számjel kérését a szervezetnek nem kell különállóan intézni.
Ha a bíróság az alapítvány nyilvántartásba vételét megtagadja, a megtagadó végzés ellen fellebbezéssel lehet élni.