Amennyiben a civil szervezet bejegyzett adataiban változás következik be, a szervezet a létesítő okirat módosítását, illetve az adat változását eredményező, a szervezet arra jogosult szerve határozatának elfogadását követő hatvan napon belül be kell jelenteni a bíróságnak. Előfordul azonban, hogy a bíróság a kérelmet elutasítja, mert az egyszerűsített változásbejegyzési eljárásban az bármely okból hiányos, vagy mert az általános eljárás során a szervezet nem, vagy nem megfelelően tett eleget a hiánypótlási felhívásnak. Kérdés, hogy ilyenkor a szervezet hogyan tud tovább működni, valamint mi a szervezet teendője.

Abból kell kiindulnunk, hogy a bíróság nyilvántartással kapcsolatos döntései deklaratív jellegűek, vagyis nem a bejegyzés hozza létre a változást, hanem azt csak nyilvántartásba veszi. Így például az új tisztségviselő mandátuma a Ptk. értelmében az elfogadó nyilatkozat aláírásával megkezdődik, függetlenül attól, hogy mikor jegyzi be a bíróság a változást. Ennek megfelelően a megválasztott tisztségviselő képviseleti joga is fennáll a bírósági bejegyzés előtt is, ugyanakkor ennek az igazolása nehézkesebb, amíg a szervezet kivonatán nincs képviselőként feltüntetve. Erre megoldás lehet, ha a szervezet – a megválasztást tanúsító jegyzőkönyv és a létesítő okirat bemutatása mellett – közjegyző előtt aláírási címpéldányt készíttet a képviselő részére.

Ebből következően a kérelem elutasítása ugyan megnehezíti, de nem lehetetleníti el a szervezet életét, azonban természetesen ez nem mentesíti a szervezetet az alól, hogy a lehető leggyorsabban intézze el az adatai változásának bejegyzését, vagyis új, hiánytalan kérelmet nyújtson be.

Ha ugyanis a nyilvántartásba bejegyzett adat törvénysértő, illetve a nyilvántartás nem tartalmazza azt, amit a szervezetre vonatkozó jogszabályok kötelezően előírnak, akkor hivatalból vagy a törvényben felsorolt jogosultak kérelmére törvényességi felügyeleti eljárás lefolytatásának van helye. A törvényességi felügyeleti eljárás megindítása esetén a bíróság a jogkövetkezményekre történő figyelmeztetéssel és az eljárás alapjául szolgáló jogszabálysértés pontos megjelölésével felhívja a szervezetet, hogy a végzésben meghatározott, legfeljebb harmincnapos határidőn belül - amely az eljárás okától függően a szervezetnek a határidő lejárta előtt benyújtott kérelmére egy alkalommal, legfeljebb harminc nappal meghosszabbítható - írásban nyilatkozzon arról, hogy vitatja-e a törvényességi felügyeleti eljárásra irányuló kérelemben, illetve a végzésben foglaltakat, illetve ha nem vitatja a kérelemben vagy a végzésben foglaltakat, úgy a törvénysértő állapotot szüntesse meg, és azt igazolja.

Ha a felhívás eredményeként sem áll helyre a törvényes működés, a törvényes állapot helyreállítása érdekében a bíróság az intézkedésre okot adó körülménytől, illetve annak súlyától függően hozhat szankciókat, a változás bejegyzésének elmaradása esetén elsősorban azzal kell számolni, hogy a szervezetet, illetve ha megállapítható, hogy a törvényességi felügyeleti eljárásra a szervezet képviselője adott okot, a képviselőt 10 000 Ft-tól 900 000 Ft-ig terjedő pénzbírsággal sújtja.