Nemzeti Adó és Vámhivatal (NAV) – adóügyi ellenőrzés – a szervezet székhelye szerint illetékes adóhatóság
Állami Számvevőszék – költségvetési támogatások felhasználása
Ügyészség – törvényességi ellenőrzés. Az ügyész törvényességi ellenőrzési jogkörében a bíróságon törvényességi felügyeleti eljárást indíthat. A bejegyző vagy módosítást bejegyző végzés vagy az annak meghozatala alapjául szolgáló eljárás, illetve a kérelemhez mellékelt iratok jogszabályba ütközése miatt pedig az ügyész pert indíthat a szervezet ellen a végzés hatályon kívül helyezése iránt a szervezet székhelye szerint illetékes törvényszék előtt. A közhasznú szervezetekkel kapcsolatos speciális jogköre alapján pedig indítványozhatja a bíróságnál a szervezet törlését a közhasznú nyilvántartásból. Az indítványra azonban csak akkor kerülhet sor, ha a törvényellenes működést vagy a vagyonfelhasználást a szervezet az ügyész felszólítására sem szüntette meg.
Törvényszék – A civil szervezet nyilvántartását vezető törvényszék törvényességi felügyeleti eljárást folytathat le a szervezettel szemben. Törvényességi felügyeleti eljárásnak van helye, ha a) a létesítő okirat vagy annak módosítása, vagy a nyilvántartásba bejegyzett adat a bejegyzést megelőzően már fennálló ok folytán törvénysértő, b) a nyilvántartásba bejegyzett adat a bejegyzést követően keletkezett ok miatt törvénysértő, c) a létesítő okirat vagy annak módosítása, illetve a nyilvántartás nem tartalmazza azt, amit a szervezetre vonatkozó jogszabályok kötelezően előírnak, d) a szervezet a működése során nem tartja be a szervezetére és működésére vonatkozó jogszabályi rendelkezéseket, illetve a létesítő okiratában foglaltakat, e) törvény a törvényességi felügyeleti eljárás lefolytatását kötelezővé teszi.
A Törvényszék törvényességi felügyeleti eljárását az arra okot adó körülményről való tudomásszerzéstől számított harminc napon belül, illetve az eljárásra okot adó körülmény bekövetkezésétől számított egyéves jogvesztő határidőn belül lehet kérni.
Ezek mellett olyan szervek ellenőrizhetnek, akiknek szakhatósági feladata (pl. ÁNTSZ), ha a szervezet engedélyköteles szakfeladatot lát el, akkor az engedélyt kiadó hatóságoknak ellenőrzési jogkörük is van.
Pályázatok esetében a kezelő szerv ellenőrizheti a támogatás felhasználását.
Egyesület esetén maguk a tagok is egy sajátos ellenőrző funkciót láthatnak el: tagja kérheti a Törvényszéktől a tagok és sz egyesület szervei által hozott határozat hatályon kívül helyezését, ha a határozat jogszabálysértő vagy a létesítő okiratba ütközik. A határozat hatályon kívül helyezése iránt attól az időponttól számított harminc napon belül lehet keresetet indítani a jogi személy ellen, amikor a jogosult a határozatról tudomást szerzett vagy a határozatról tudomást szerezhetett volna. A határozat meghozatalától számított egyéves, jogvesztő határidő elteltével per nem indítható.