Nemzeti Adó és Vámhivatal (NAV) – adóügyi ellenőrzés – a szervezet székhelye szerint illetékes adóhatóság
Állami Számvevőszék – költségvetési támogatások felhasználása
Ügyészség – törvényességi ellenőrzés. Az ügyész törvényességi ellenőrzési jogkörében a bíróságon törvényességi felügyeleti eljárást indíthat. A közhasznú szervezetekkel kapcsolatos speciális jogköre alapján pedig indítványozhatja a bíróságnál a szervezet törlését a közhasznú nyilvántartásból. Az indítványra azonban csak akkor kerülhet sor, ha a törvényellenes működést vagy a vagyonfelhasználást a szervezet az ügyész felszólítására sem szüntette meg.
Ezek mellett olyan szervek ellenőrizhetnek, akiknek szakhatósági feladata (pl. ÁNTSZ), ha a szervezet engedélyköteles szakfeladatot lát el, akkor az engedélyt kiadó hatóságoknak ellenőrzési jogkörük is van.
Pályázatok esetében a kezelő szerv ellenőrizheti a támogatás felhasználását.
